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nova variante

Saúde

Caso suspeito da variante Delta em Gramado será analisado na Fiocruz

Por Milena Costa 13/07/2021
Por Milena Costa

O Centro Estadual de Vigilância em Saúde (Cevs) enviou para a Fiocruz, nesta segunda-feira (12), amostras de dois prováveis casos da variante Delta do coronavírus (B.1.1.617.2 – de origem na Índia) identificados no RS. Na Fiocruz, as amostras (de secreção de nasofaringe) passarão por exames mais detalhados para confirmação. É a primeira vez que casos suspeitos dessa linhagem do vírus são identificados no Rio Grande do Sul.

Os casos referem-se a um morador de Gramado e outro de Santana do Livramento. Nos últimos dias, as vigilâncias municipais adotaram as medidas sanitárias necessárias. Houve a identificação das pessoas e rastreamento de contatos dos casos, além do isolamento e coleta de amostras para RT-PCR. O paciente gramadense segue em isolamento domiciliar e seu estado de saúde é estável. A Vigilância em Saúde, da Secretaria da Saúde de Gramado, realizou rapidamente a identificação e os possíveis contatos do morador.

As amostras foram analisadas pelo Laboratório Central do Estado (Lacen/RS) e Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CDCT) em testes preliminares. Na Fiocruz, no Rio de Janeiro, essas amostras passarão por um sequenciamento genômico, que fornece detalhes do perfil de mutações e classifica com precisão a linhagem de cada amostra.

Já os testes que vêm sendo aplicados pela própria Secretaria da Saúde (SES) indicam se determinada amostra é uma provável VOC (variante de preocupação, da sigla em inglês) a partir da identificação de genes específicos que são diferentes entre os tipos de vírus.

Além desses dois casos de prováveis Delta, três possíveis casos da variante Alfa (B.1.1.7, origem no Reino Unido) foram identificados e estão em investigação para confirmação.

Variantes do Coronavírus

Algumas linhagens do SARS-CoV-2 preocupam quanto a alterações no seu comportamento por carregarem algumas mutações específicas. A maioria dessas mutações está concentrada na proteína Spike, a responsável por reconhecer as células humanas e ajudar o vírus a penetrar nessas células do indivíduo.

Quando comprovadas essas alterações e identificada uma ameaça à saúde pública ou ao controle do vírus, se denomina então de “variante de preocupação” (VOC – do inglês variants of concern). Variantes de preocupação (VOC) são aquelas para as quais existem evidências científicas de uma mudança no comportamento do vírus.

As principais mudanças que requerem atenção são: aumento da transmissibilidade, aumento dos casos graves, redução significativa da neutralização por anticorpos gerados durante infecção prévia, eficácia reduzida de tratamentos ou vacinas ou, ainda, falhas de detecção no diagnóstico.

Os exemplos mais conhecidos e de maior preocupação entre as VOCs já identificadas são: Alfa (B.1.1.7, origem no Reino Unido), Beta (B.1.351, origem na África do Sul), Gama (P.1, origem no Brasil), e a Delta (B.1.617, origem na Índia).

No Rio Grande do Sul, assim como no Brasil, a linhagem predominante em mais de 99% dos casos analisados é, majoritariamente, a Gama (P.1).

Foto: Divulgação | Fonte: Assessoria
13/07/2021 0 Comentários 425 Visualizações
Saúde

Laboratório da Feevale identifica possível nova variante do coronavírus

Por Milena Costa 06/07/2021
Por Milena Costa

O Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale, integrante da Rede Corona-ômica BR-MCTI, sequenciou 26 genomas de SARS-CoV-2 de amostras de suabe nasofaríngeo, coletadas entre o final de abril e a metade de junho deste ano, no Rio Grande do Sul. Do total de amostras, 20 são provenientes de viajantes que cruzavam a fronteira entre a Argentina e o Estado, na cidade de Uruguaiana, quatro oriundas da Secretaria Municipal da Saúde de Porto Alegre e duas que foram recebidas no próprio laboratório. As amostras foram selecionadas para o sequenciamento de alto desempenho através da plataforma Illumina MiSeq.

“Quando realizado de forma mais intensa, permite a detecção de novas variantes mesmo logo após seu surgimento”

O pesquisador Fernando Spilki, pró-reitor de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão da Feevale, destaca a importância desse tipo de vigilância contínua da variação genética. “Quando realizado de forma mais intensa, permite a detecção de novas variantes mesmo logo após seu surgimento, informação que pode ser válida para o combate à pandemia e novos surtos de Covid-19”, explica.

As sequências consenso dos 26 genomas completos, com mais de 98% de cobertura, foram primeiramente submetidas à plataforma Pangolin e caracterizadas como pertencentes à linhagem V.O.I B.1.1.28. No entanto, por tratar-se de uma linhagem pouco detectada, a análise de variant calling foi empregada nos arquivos FASTQ, com o objetivo de avaliar possíveis novas mutações, em menor frequência.

Como resultado, além das mutações características de B.1.1.28, oito mutações não sinônimas adicionais foram identificadas na ORF1ab, sete em S, duas em N e uma na ORF8. Com base nessas análises, é possível que uma provável nova variante P.X tenha sido detectada, e que sua emergência esteja sendo observada em tempo real.

Estudo é disponibilizado em base de dados nacionais e internacionais

Dentre as mutações adicionais observadas, seis chamaram a atenção devido à frequência total em que apareceram nas amostras e que parecem ser assinaturas da provável nova variante P.X emergente. É importante salientar que as mutações características de P.1 e P.2 não foram encontradas em nenhum dos genomas gerados neste estudo.

Foi realizado, também, o alinhamento e a árvore filogenética dos 26 genomas completos, com sequências representativas de outras linhagens, assim como a sequência referência de Wuhan. A filogenia foi feita através da plataforma online IQtree v2.1.2 e mostrou que as sequências claramente agrupam-se em um clado separado das demais, corroborando os resultados anteriores de uma provável nova variante em emergência, mais relacionada à B.1.1.28.

A constante descoberta de novos genomas e possíveis novas linhagens, assim como o monitoramento de novas mutações, são de especial relevância, considerando o impacto causado por outras linhagens como B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1, e B.1.617.2 (Delta), no Reino Unido, África do Sul, Brasil e Índia, respectivamente. Todos os dados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-ômica.BR – MCTI) e internacionais (Gisaid), com posterior submissão do trabalho ao periódico científico.

Foto: Divulgação | Fonte: Assessoria
06/07/2021 0 Comentários 721 Visualizações

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